43.7% от капитала на Централен депозитар се притежава от Министерството на финансите. Други акционери са Българска фондова борса АД банки и инвестиционни посредници. Акционер в Централен депозитар не може да притежава пряко или чрез свързани лица повече от 5 на сто от неговите акции. Това ограничение не се отнася за Министерството на финансите и Българската народна банка, регулирани пазари, съответно пазарни оператори, централни депозитари на ценни книжа и клирингови институции.
Основният капитал на Централен депозитар е 1 400 000 лева, разделени на 14 000 акции, всяка от които е с номиналната стойност от 100 лв. Акциите са безналични.
